Великая Отечественная война (1941−1945 гг.) не могла не отразиться на работе Гидрометслужбы СССР, которую включили в состав Вооруженных сил страны. Иркутское управление вошло в состав Забайкальского военного округа, затем Забайкальского фронта. Все работники приняли присягу. Главной задачей управления было обеспечение гидрометеорологической информацией все народнохозяйственные организации тыла и предприятия оборонного значения. Также метеорологи регулярно обеспечивали метеопрогнозами бесперебойную работу авиационного и железнодорожного транспорта.
По линии Иркутского управления и Главного управления более половины работников за самоотверженный труд отмечены грамотами и благодарностями. Родина высоко оценила труд работников гидрометслужбы, наградив медалями 17 человек «За доблестный труд», 21 человек «За победу над Германией».
В честь приближающегося 80-летия со дня Победы в Великой Отечественной войне 24 сентября 2024 года на территории ФГБУ «Иркутское УГМС» были высажены кусты сирени в память о работниках Гидрометслужбы Иркутской области, участниках ВОВ в рамках Всероссийского экологического субботника «Зеленая Россия». В акции приняли участие не только сотрудники ФГБУ «Иркутское УГМС», но и студенты Иркутского гидрометеорологического техникума, ведь патриотическое воспитание подрастающего поколения сейчас особенно актуально.
ФГБУ «Иркутское УГМС» и Иркутский гидрометеорологический техникум выражают слова благодарности всем, кто воевал за мир, чистое небо и светлое будущее и пусть каждый год цветы сирени напоминают нам о подвигах наших коллег в годы Великой Отечественной войны.